Im Jahre 1244 eroberte König Jaume I. Javea von den Mauren zurück. Bis zur Beendigung der muselmanischen Aufstände von Al-Azraq im Jahre 1279 kam die Wiederbesiedlung jedoch nur sehr langsam voran.

Urkundlich wird Javea erstmals in der Zeit des Königs Jaume II. erwähnt, denn der Beginn des XIV. Jahrhunderts war gekennzeichnet von zwei großen Konflikten: der Krieg von Kastilien seit 1296 und die "Razzien" der Granadiner (1304, 1308) unter Mithilfe der maurischen Bevölkerung des Königreiches. Die Politik dieses Königs sah den Bau von Befestigungsanlagen vor.

Die Stadtmauer verlief entlang der Straßen Sor Maria Gallard, Primicies, Major und Roques. Der Ort wuchs nur sehr langsam und ab 1333 beginnt eine Zeit der Rezession. Im Jahre 1397 wurde Jávea der Titel "Stadt mit Rat" verliehen, sie gehörte jedoch weiter zum Fürstentum Dénia. Im 15. Jhd. begann eine wirtschaftliche Erholung, einhergehend mit einem Bevölkerungszuwachs, was sich auch städtebaulich klar widerspiegelt. Viele neue Straßen werden gebaut, die Stadttore werden neu festgelegt.

Wegen dem Bevölkerungszuwachs und der Unsicherheit, die aufgrund der ständigen Angriffe der berberischen Korsaren seit dem XV. Jahrhundert entstanden war, wurden die Festungsanlagen ausgebaut. In dieser Zeit entstand auch die Kirche Eglesia de Sant  Bertomeu (San Bartolome), die gleichzeitig als Gotteshaus und Festung dienste.

In Zeiten, in denen die Pest des öfteren ausbrach, leistete das im Jahre 1502 erbaute Hospital gute Dienste, heute ist davon nur noch die Capella de Santa Anna (siehe auch "Sehenswürdigkeiten") erhalten. Nach den demographischen Daten zu urteilen, wurde Jávea nicht sehr stark von der Pest heimgesucht; 1510 lebten dort 930 Personen, ein Jahrhundert später schon 1800. Im Jahre 1609 kam es unter Philipp III. zur Ausweisung der Mauren.

La Jávea Moderna - das moderne Jávea

Im 18. Jhd. erhielt Javea, das am Erbfolgekrieg auf der Seite der Bourbonen teilgenommen hatte, eine Reihe von Privilegien. Neben zahlreichen Ehrentiteln bekam die Stadt für ihren Hafen die Erlaubnis zur Ausfuhr von Waren und Früchten des Landes. Ein schwungvoller Handel, vor allem mit Rosinen, begann. Die Landwirtschaft bestand aus dem Anbau von Weizen, Mandeln, Weintrauben, Johannisbrot und Oliven.

Ab der zweiten Hälfte des 19. Jahrhunderts wurde die Herstellung, Verarbeitung und Ausfuhr der Rosinen zum Motor der Modernisierung.

Ein durch Handel reich gewordenes Bürgerturm errichtete um die Kirche herum ihre prunkvollen Häuser, wie z.B. die Casa de la Senyoreta Josefina oder die Casa dels Bolufer.

Im Jahre 1873 wurde endgültig mit der städtebaulichen Erweiterung begonne, und am Placeta del Convent laufen die wichtigsten Wege zusammen.

Heute ist Javea eine moderne Stadt, in der der Tourismus eine große Rolle spielt.Die städtebauliche Entwicklung wurde begleitet von der Schaffung einer entsprechenden Infrastruktur, wie z.B. das Zollamt im Hafen, Marine-Adjutantur (1878), Einrichtungen des Gesundheitswesens, 'Telegraphenkabel (1860), elektrische Straßenbeleuchtung (1902) und öffentliche Trinkwasserbrunnen (1922). Auch Freizeiteinrichtungen wie Theater (1895), Ballspielplatz, Stierkampfarena (1917) sowie
Cafes usw. entstehen jetzt.